По данным Аксайского военно‑исторического музея, подземные сооружения начали формироваться в XVIII веке. Первые ходы вырубались как подземные склады и укрытия, связанные с системой оборонительных укреплений на Дону.
В XIX веке сеть расширилась: часть коридоров использовали как тайные ходы, часть — как хозяйственные подземные помещения. Исследователи отмечают, что пещеры создавались вручную, в меловых породах, что объясняет их хорошую сохранность.
В XX веке подземелья долгое время оставались закрытыми и малоизученными. Систематические исследования начались только в 1980‑е годы, когда музейные сотрудники провели первые обследования и составили карту доступных участков.
Сегодня Аксайские пещеры — один из самых необычных объектов Аксайского военно‑исторического музея. Для посетителей открыт безопасный экскурсионный маршрут, где можно увидеть:
Экскурсии проводят только в сопровождении сотрудников музея — это связано с особенностями подземного рельефа и необходимостью соблюдения безопасности.