Первая Михайло‑Архангельская церковь существовала в Черкасске, старой столице донского казачества: деревянный храм там известен с конца XVII века, несколько раз перестраивался и возобновлялся после пожара.
К середине XIX века деревянный храм обветшал, и община подняла вопрос о строительстве каменной церкви. Сбор средств шёл около десяти лет; в 1863 году заложили новый каменный Михайло‑Архангельский храм на западной стороне Азовской площади (ныне проспект Платовский). Строительство продолжалось до 1869 года, отделочные работы — ещё несколько лет. В 1872 году богослужения уже проходили в каменном здании, а 8 ноября 1873 года храм был торжественно освящён в престольный праздник Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных сил бесплотных.
Автор проекта — архитектор Яков Седов, стиль — эклектика, типичный для русской церковной архитектуры середины XIX века.
В 1939 году храм был закрыт советскими властями, ценности изъяты в ходе кампании по изъятию церковного имущества. В августе 1942 года, во время немецкой оккупации, богослужения возобновились, но в 1966 году церковь снова закрыли и использовали как склад.
В 1990 году полуразрушенный храм передали Московскому Патриархату. С 1992 по 1996 годы шла реставрация росписей, нижний храм восстанавливали в 1995–1998, верхний — в 2001 году.
