Первый храм на этом месте появился в 1810 году — тогда это была деревянная церковь, построенная вскоре после основания Новочеркасска. В 1827 году атаман Кутейников предложил заменить её каменным зданием, и в 1830‑е годы начались первые попытки строительства: возвели новую колокольню, заложили фундамент, но работы неоднократно откладывались.
Перелом наступил только в конце XIX века. В 1889 году утвердили новый проект архитектора Н. Е. Анохина, а в 1891 году началось строительство каменного храма. В 1894 году на купол установили крест, к концу 1896 года здание было готово, а в 1899‑м завершили оформление интерьера. Деревянную церковь разобрали в 1898 году. В XX веке храм пережил закрытия (1935 и 1960), попытку превращения в планетарий (1978) и был возвращён Церкви в 1997 году.
Сегодня храм Александра Невского — действующий приход, аккуратно восстановленный после утрат советского периода. Внутри сохранились и обновлены росписи, иконостас и элементы декора, а само здание стало частью туристического маршрута по историческому центру. Это спокойное, камерное место, куда заходят и прихожане, и путешественники, чтобы увидеть живую историю Новочеркасска.