Музей был основан в 1920 году как городской краеведческий центр. Первые коллекции формировались из предметов, переданных жителями, а также материалов, собранных местными исследователями.
В 1930‑е годы музей активно развивался, но в период Великой Отечественной войны часть фондов была утрачена. После освобождения Ейска началось восстановление, и музей вновь стал важным культурным учреждением города.
В 1990‑е годы музею присвоили имя В. В. Самсонова — человека, который десятилетиями собирал материалы о Ейске, писал исследования, работал с архивами и создал фундамент для современного музейного фонда.
Сегодня музей — это современное культурно‑просветительское пространство, где представлены:
Музей активно проводит экскурсии, лекции, временные выставки, встречи с краеведами и образовательные программы для школьников.
Музей активно участвует в научных конференциях и краеведческих проектах.