Музей был основан в 1879 году по инициативе этнографа, археолога и исследователя Кубани Евгения Дмитриевича Фелицына. Первоначально коллекция размещалась в здании городской думы, а затем переехала в собственное помещение.
Фелицын собрал огромный материал по истории Кубанского казачества, народов Северного Кавказа, древних культур Таманского полуострова. Его работа стала основой для формирования крупнейшего регионального музея.
В советское время музей активно развивался: расширялись фонды, открывались новые отделы, проводились археологические экспедиции. Сегодня музей — научный центр, хранящий более 500 тысяч единиц.
Сегодня музей‑заповедник — это современное культурное пространство с постоянными и временными экспозициями.
Здесь работают:
Музей активно проводит лекции, экскурсии, научные конференции, детские программы и городские культурные мероприятия. Главное здание музея — памятник архитектуры конца XIX века.