По официальным данным, музей был создан в 1998 году как муниципальное учреждение культуры. Его формирование началось с инициативы местных краеведов, которые передали в фонд первые коллекции: семейные архивы, предметы казачьего быта, фотографии старого Батайска.
В начале 2000‑х годов музей получил отдельное помещение и начал формировать постоянную экспозицию. В этот период активно пополнялись фонды: поступали материалы о железнодорожной истории города, о развитии промышленности, о жизни батайчан в годы Великой Отечественной войны.
Сегодня музей является главным хранителем исторической памяти Батайска и входит в культурный маршрут города.
Современная экспозиция музея охватывает ключевые этапы развития Батайска:
Музей активно работает с посетителями: проводит экскурсии, тематические выставки, встречи с краеведами, уроки для школьников. Он участвует в городских праздниках и культурных проектах.
Экспозиции обновляются: появляются новые тематические разделы, посвящённые современному Батайску.