Станция открылась в 1888 году вместе с пуском участка Тихорецкая — Екатеринодар Владикавказской железной дороги. Первое здание было деревянным, но уже в начале XX века его заменили более капитальным.
В советский период станция активно развивалась: увеличивался пассажиропоток, расширялись пути, строились новые служебные здания.
Современный вокзальный комплекс сформировался в 1970‑е годы, когда Краснодар стал крупным транспортным центром Юга. В 2000‑х и 2010‑х годах вокзал прошёл масштабную реконструкцию: обновили фасады, платформы, подземные переходы, инженерные системы и залы ожидания.
